在深圳注册并经营二类医疗器械相关业务的公司，需遵循国家及地方相关法律法规。二类医疗器械是指具有中度风险、需要严格控制管理以保证其安全有效的医疗器械，如血压计、体温计、医用口罩、助听器、避孕套等。

在深圳设立二类医疗器械公司，首先需完成工商注册，取得营业执照，经营范围应明确包含“第二类医疗器械销售”或“第二类医疗器械生产”等内容。若仅从事销售，通常无需生产许可，但须办理《第二类医疗器械经营备案凭证》；若涉及生产，则需向广东省药品监督管理局申请《第二类医疗器械生产许可证》。

备案流程主要包括：准备企业基本信息、经营场所和仓储条件说明、质量管理人员资质证明（如大专以上学历、相关专业背景）、质量管理制度文件等材料，通过“广东省政务服务网”在线提交，经审核后取得备案凭证，整个过程一般在10-15个工作日内完成。

深圳作为全国重要的医疗器械产业集聚地，拥有完善的产业链和政策支持。南山区、龙华区、坪山区等地聚集了大量医疗器械企业，政府也出台多项扶持政策，鼓励创新研发与成果转化。企业可申请高新技术企业认定、享受税收优惠、参与政府科技项目等。

此外，企业须建立符合《医疗器械经营质量管理规范》的质量管理体系，确保产品采购、储存、运输、销售全过程可追溯。经营场所和仓库需满足面积、温湿度控制、分区管理等要求，且不得设在住宅性质用房内。

特别提醒：自2021年起，国家对部分防疫类二类医疗器械（如医用口罩、红外额温计）加强监管，相关产品需具备产品备案凭证或注册证，并确保来源合法、质量合格。

总之，在深圳开展二类医疗器械业务，需合规办理备案、强化质量管理、紧跟监管动态，同时可借助本地产业优势，推动企业稳健发展。建议咨询专业服务机构或深圳市市场监督管理局获取最新政策指导。