二类医疗器械公司是否免税，需根据中国现行税收政策具体分析。总体而言，二类医疗器械企业并不自动享受全面免税待遇，但在特定条件下可享受一定的税收优惠。

首先，增值税方面：根据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）及相关规定，销售二类医疗器械一般属于应税行为，适用13%的增值税税率。但若企业为小规模纳税人，可按3%的征收率缴纳增值税，并享受阶段性减免政策（如疫情期间曾执行1%优惠税率）。此外，部分医疗设备进口环节可能涉及关税和增值税减免，但需符合国家规定的免税目录范围。

其次，企业所得税方面：符合条件的医疗器械企业可享受高新技术企业优惠税率（15%），前提是通过高新技术企业认定。此外，研发费用加计扣除政策也适用于从事研发活动的企业，目前研发费用可按实际发生额的100%加计扣除，减轻税负。

值得注意的是，国家对疫情防控重点保障物资生产企业有特殊支持政策。在疫情等应急状态下，生产医用口罩、防护服、呼吸机等二类医疗器械的企业，曾被纳入“疫情防控重点保障企业”名单，享受增值税增量留抵退税、贷款贴息、所得税税前扣除等优惠，但此类政策具有临时性和针对性，非常态化。

另外，小微企业税收优惠也可适用。若二类医疗器械公司年应纳税所得额低于300万元，且符合从业人数、资产总额等条件，可享受小型微利企业所得税优惠政策，实际税负最低可达5%。

综上所述，二类医疗器械公司不享有普遍性免税政策，但可通过高新技术企业认定、研发费用加计扣除、小微企业优惠及阶段性政策等方式合法降低税负。企业应结合自身情况，合规申请相关税收优惠，并咨询专业税务机构或主管税务机关以确保政策适用准确。