二类医疗器械公司不自动享受免税政策。是否免税需根据国家相关税收法律法规具体判断，通常与企业的经营性质、产品类型、收入来源及是否符合特定优惠政策有关。

首先，二类医疗器械是指具有中等风险，需要严格控制管理以保证其安全有效的医疗器械。在我国，生产或经营二类医疗器械的企业需取得相应的备案或许可资质，但资质本身并不带来税收减免。

在增值税方面，一般情况下，销售二类医疗器械属于应税行为，需按规定缴纳增值税。目前，我国对部分医疗相关产品和服务有税收优惠政策，例如：医疗机构提供的医疗服务可免征增值税，但这一政策主要适用于非营利性医疗机构的诊疗服务，不直接适用于医疗器械生产企业或经营企业。

企业所得税方面，若二类医疗器械企业符合高新技术企业条件，或属于小型微利企业，可享受相应的所得税优惠。例如，高新技术企业可减按15%的税率征收企业所得税；小型微利企业年应纳税所得额在规定范围内的，可享受低税率或减免政策。

此外，研发费用加计扣除政策也适用于符合条件的医疗器械企业。若企业从事自主研发活动，其研发费用可在税前按一定比例加计扣除，从而降低应纳税所得额。

需要注意的是，国家在特殊时期（如疫情期间）可能出台临时性税收支持政策，对部分防疫相关的医疗器械生产和供应企业给予阶段性减免税优惠，但这属于临时措施，不具备长期普遍适用性。

综上所述，二类医疗器械公司本身不享有法定免税资格，是否免税或享受税收优惠，取决于其是否符合国家规定的具体条件。企业应结合自身情况，依法申请适用相关税收优惠政策，并咨询税务机关或专业机构确保合规。