在中国，二类医疗器械属于增值税应税范围，其适用的增值税税率根据销售环节和纳税人类型有所不同。

一般情况下，二类医疗器械的销售或进口适用13%的增值税税率。该税率适用于一般纳税人企业，在销售医疗器械时按照销项税额计算缴纳增值税。如果企业为小规模纳税人，则适用3%的征收率（2023年起阶段性减按1%执行，具体以最新税收政策为准），且不得抵扣进项税额。

此外，企业在采购环节支付的增值税可作为进项税额抵扣（仅限一般纳税人），从而降低实际税负。例如，某一般纳税人医疗器械公司购进一批二类器械支付含税价113万元（税率13%），则可抵扣进项税13万元；若对外销售取得含税收入135.6万元，则销项税为15.6万元，应纳增值税为2.6万元（15.6万－13万）。

需要注意的是，若企业享受税收优惠政策，如小微企业减免、疫情防控期间相关支持政策等，可能影响实际税负。但目前针对二类医疗器械本身并无普遍性免税政策，除非特定产品被纳入免税目录（如部分防疫物资在特殊时期曾享受临时免税）。

另外，企业还需缴纳企业所得税（通常为25%，符合条件的小型微利企业可享优惠税率）、城市维护建设税、教育费附加等附加税费，这些均以实际缴纳的增值税为基础计算。

总结：

• 一般纳税人销售二类医疗器械：增值税税率13%
• 小规模纳税人：征收率3%（现行政策可能减按1%）
• 可抵扣进项税（仅限一般纳税人）
• 无普遍性免税政策，需关注阶段性优惠

建议企业结合自身纳税人身份和最新税务政策合规申报，必要时咨询税务机关或专业机构。