二类医疗器械属于国家实行注册管理的医疗器械，其生产、经营需取得相应许可。在纳税方面，涉及的主要税种包括增值税、企业所得税及相关附加税费。

一、增值税
二类医疗器械销售一般适用13%的增值税税率（自2018年5月1日起，原17%税率下调至16%，2019年4月1日进一步下调至13%）。若为小规模纳税人，则按3%征收率简易计税（目前部分优惠政策下可减按1%执行，具体以最新政策为准）。
值得注意的是，部分与疫情防控相关的医疗物资曾享受阶段性免税政策，但常规情况下二类器械不免税。若企业符合小微企业条件，还可享受增值税起征点优惠（月销售额不超过10万元免征增值税）。

二、企业所得税
企业从事二类医疗器械的生产或销售所得，需缴纳企业所得税，法定税率为25%。符合条件的小型微利企业可享受税收优惠：年应纳税所得额不超过300万元的部分，实际税负可低至5%（其中100万元以下部分税负5%，100万至300万元部分税负10%），大幅减轻税负。

三、附加税费
在缴纳增值税基础上，还需缴纳城市维护建设税（7%、5%或1%）、教育费附加（3%）和地方教育附加（2%），合计约为增值税额的12%（市区标准），随增值税减免而减免。

四、其他税种与注意事项

• 房产税、城镇土地使用税：如拥有自有厂房或办公场所，需按规定缴纳。
• 印花税：购销合同按合同金额的万分之三贴花。
• 研发费用加计扣除：若企业投入研发，符合条件的研发支出可按100%加计扣除，降低应税所得额。

五、合规建议
企业应依法开具发票，规范进项税抵扣，准确核算收入成本，并及时申报纳税。同时关注行业税收优惠政策，合理享受小微企业、高新技术企业等税收减免。

总之，二类医疗器械企业在纳税上需重点关注增值税与企业所得税，结合自身规模和资质，充分利用现行优惠政策，确保合规节税。具体操作建议咨询专业税务机构或主管税务机关。